جوان‌مردى که دوران کودکى را در دامان تربیت امیرالمؤمنین(علیه السلام) پرورش یافت و دوران جوانی‌اش را در مکتب شرافت و کرامت اهل بیت (علیهم السلام) سپرى کرد. او از چشمه گوارای معارف امام سیراب شد و در زمره یاران رشید و همگامان روشن‌بین آن حضرت قرار گرفت. مادر محمد اسماء بنت عمیس بود.
او در ابتدا به همسرى جعفر بن ابى طالب درآمد، و پس از جعفر، همسر ابوبکر شد. و محمد را در سفر حجهالوداع متولد نمود. بعد از ابوبکر، حضرت علی(علیه السلام) او را به همسرى برگزید، و عملاً محمد را در خانه خود تحت پرورش و محبت قرار داد. از این رو بود که امیرالمؤمنین(علیه السلام) فرمودند: محمد فرزند من است از صلب ابوبکر .
محمد بن ابی‌بکر از ناحیه پدری، برادر عایشه می‌باشد. و از طرف مادری، برادر عبد الله و عون و محمد از فرزندان جعفر طیار، همچنین برادر یحیى فرزند امیرالمؤمنین(علیه السلام) می‌باشد.
ولایت در مصر
محمد در جنگ جمل و صفین در لشکر امیرالمؤمنین(علیه السلام)حضور داشت. بعد از صفین،حضرت علی(علیه السلام)او را به عنوان حاکم مصر قرار داد. اما دیرى نگذشت که معاویه با آگاهى از آمادگى مردم مصر در نافرمانى و عصیان از امام علی(علیه السلام)، همچنین با توجه به خراج و مالیات هنگفتى که می‌توانست از مصر به دست آورد، در سال سى و هشت هجری، سپاه مجهزى را به فرماندهى عمرو عاص‌و به همراهى جیره‌خوان همیشگى دستگاه حکومت اموی، معاویه بن خدیج و ابوالاعور سلمى ، براى تصرف مصر و سرکوبى محمد بن ابی‌بکر مهیا نمود. این سپاه در بین راه با خون‌خواهان عثمان ملحق شدند و لشکرى بزرگ را به وجود آوردند.
امیرالمؤمنین(علیه السلام) با احساس خطر جدى در مورد اقدام معاویه، دست به کار شده، به مردم کوفه براى جلوگیرى از تجاوزات لشکر عمرو عاص، اعلام جهاد نمودند. اما مردم کوفه که از جنگ‌هاى پیاپى خسته شده بودند و روحیه جهادى خود را از دست داده بودند، با سستى و عدم آمادگى با این موضوع برخورد نمودند. تا آن‌جا که حضرت علی(علیه السلام) طی خطبه‌اى به آنان فرمودند:
این نداى محمد بن ابی‌بکر و برادران مصرى شما است که یارى می‌طلبند و نیرو می‌خواهند… مبادا که این همبستگى گمراهان در امر باطلشان و فداکارى آن‌ها در راه طاغوت، بیشتر و شدیدتر از اتحاد شما در راه حقتان باشد .
آیا دینى نیست که شما را گرد هم جمع آورد؟ آیا مردانگى و غیرتى نیست که خشم شما را برافرازد؟ راستی هرگز نشنیده‌اید که دشمن شما در گرفتن سرزمین‌هایتان می‌کوشد و همه جا به چپاول و غارتگرى دست می‌زند؟ آیا تعجبى نیست که معاویه ستمگران فرومایه را می‌خواند، و آنان از او پیروى می‌کنند، بدون این که به آنان کمک و بخششى نماید؟ شگفتی‌آور نیست که یاران معاویه، سالى یک، دو یا سه بار به هرگونه که از آنان بخواهد، او را اجابت می‌کنند و به سویش می‌شتابند؟ و آن‌گاه من… .
شما را که خردمندان مردمید و بازمانده مسلمانان،به سوى خود می‌خوانم و شما با من مخالفت می‌کنید، از گردم پراکنده می‌شوید، عصیان می‌ورزید و از من روى می‌گردانید .
زمانى که سپاه عمرو به نزدیکى مصر رسید، محمد که با استواری، عزم و اندیشه، خود را آماده پیکار ساخته بود،در بین مردم به پاخاست و در ضمن یک سخنرانى هیجان‌انگیز گفت:
اى مردم مسلمان،گروهى که گستاخانه شرف و آبروى مردم را زیر پا گذارده‌اند، در گسترش گمراهى و ضلالت می‌کوشند و آتش فتنه را همه‌جا برمی‌افروزند، به دشمنى و ستیز با شما برخاسته‌اند و لشکریانى را براى جنگ با شما گسیل کرده‌اند… اکنون آن کس که بهشت را گرامى می‌پندارد و خواهان آمرزش خداوند است، به سوى این مردم روانه شود و با آن‌ها در راه خدا پیکار و جهاد کند… .
شهادت
سرانجام آتش جنگ شعله‌ور شد و دو سپاه مدت زمانى را به سختى با هم جنگیدند، در پى این هجوم نظامى و به پشتوانه اقدامات تبلیغاتى دستگاه اموى در مصر، عمرو عاص موفق به تصرف مصر شد و محمد بن ابوبکر در این میان به اسارت درآمد. و دیرى نپایید که معاویه بن خدیج، به طور ناجوانمردانه‌اى محمد را که در آن زمان بیست و هشت سال داشت، به شهادت رساند و پیکر او را در شکم حمارى گذاشت و به آتش کشید.
هنگامى که امیرالمؤمنین(علیه السلام) خبر شهادت محمد را شنید، بیش از حد اندوهناک و محزون شد. تا آن‌جا که به او گفتند: اى امیرالمؤمنین، چرا نسبت به محمد بن ابی‌بکر، این اندازه بی‌تابى می‌کنید؟ و ایشان فرمود:
چرا چنین نکنم، حال آن که او دست پرورده من و برادر فرزندان من می‌باشد. من پدر او بودم و او را فرزند خود می‌دانستم .
در آن زمان یکى از جاسوسان حضرت، که از شام آمده بود این گونه خبر داد: یا امیرالمؤمنین، زمانى که خبر کشته شدن محمد به معاویه رسید، بر بالاى منبر رفت و این موضوع را به اطلاع مردم رساند. پس از آن، مردم آن‌چنان به شادى و پایکوبى پرداختند که من تا کنون نمونه آن را در اهل شام ندیده‌ام. پس از آن حضرت علی(علیه السلام) فرمود:
اندوه ما در کشته شدن محمد به اندازه سرور اهل شام است،بلکه اندوه ما بیشتر است .
همچنین زمانى که این خبر به گوش مادرش اسماء رسید،از فرط ناراحتى و غصه‌اى که در قلب خود انباشه بود، از پستانش خون چکید.