تولد و دوران کودکی:
آیه‌الله معرفت در سال ۱۳۰۹ هجری شمسی در کربلا در میان خانواده‌ای روحانی و دوستدار قرآن و عترت به دنیا آمد. پدرش مرحوم شیخ علی معرفت از روحانیان با فضیلت بود که از پانزده سالگی ساکن کربلا شده بود. خاندان آیه‌الله معرفت همه اهل علم و تقوا بودند و در این راستا سابقه‌ای ۳۰۰ ساله داشتند و همگی فرزندان مرحوم شیخ عبدالعالی میسی، صاحب رساله میسیّه بودند که از قریه میس جبل عامل به اصفهان هجرت می‌کند و جد بزرگ آیه‌الله معرفت با اهل و عیالش به کربلا می‌رود و در آنجا زندگی می‌کند.
دوران تحصیل:
آیه‌الله معرفت، تحصیلات خود را در مکتب خانه‌های آن روزگار آغاز کرد و حتی کتاب جامع المقدمات را هم در آن مکتب خانه‌ها فرا گرفت. پس از آن وارد حوزه علمیه کربلا شد و با تلاش فراوان به فراگیری دروس دوره سطح پرداخت. بخشی از دروس سطح را نزد پدر و بخش دیگری را نزد استادان حوزه علمیه کربلا فرا گرفت. پس از آن به درس خارج فقه و اصول رفت و یک دوره خارج اصول و بخشی از خارج فقه را در همان حوزه مبارک به پایان رساند.
سپس برای بهره‌مندی از محضرآیه‌الله العظمی خویی(ره) و دیگر استادان حوزه علمیه نجف، وارد این شهر شد. در آنجا نیز از محضر علمای فرزانه، بهره‌های فراوان برد. پس از آن وارد حوزه علمیه قم شد و پس از چندی شرکت در درس مرحوم میرزاهاشمی آملی، تدریس رسمی خود را آغاز کرد.
آیه‌الله معرفت در طول سالهای تحصیل، همواره از تدریس کتب و دروس حوزوی بازنماند؛ حتی به تدریس دروسی که امروزه در حوزه‌ها متداول نیست ـ مانند ریاضیات ـ می‌پرداخت و همراه با تحصیل و تدریس، به پژوهش در گستره‌های گوناگون علمی و دینی می‌پرداخت. در این راه، از هیچ تلاشی دریغ نمی‌ورزید؛ به گونه‌ای که به گفته خود گاه تا سحر برای حل مسأله‌ای بیدار می‌ماند و به تأمل و کاوش در کتب مختلف می‌پرداخت.
استادان و دوستان:
آیه‌الله محمدهادی معرفت، در سالهای تحصیل خود محضر علمای بزرگ و استادان سترگی را درک کرد. جامع‌المقدمات را درمکتب خانه نزد مرحوم شیخ علی اکبر نائینی فرا گرفت و بخشی از دروس مقدمات را به همراه پسر عموی خود، مرحوم شیخ محمد جواد معرفت نزد پدر آموخت. سیوطی را نزد مرحوم شیخ سعید تنکابنی و مغنی، معالم و کفایه را نزد مرحوم شیخ محمدحسین مازندرانی فرا گرفت. برای فراگیری مطول، به محضر ادیب نیشابوری مشرف شد و بخشی از قوانین را نزد سید حسن آقامیر خواند. یک دوره خارج اصول و بخشی از خارج فقه را نزد مرحوم آیه‌الله شیخ یوسف بیارجمندی خراسانی آموخت.
با ورود به حوزه علمیه نجف، به درس آیه‌الله‌العظمی خویی(ره) رفت و یک دوره کامل اصول و بخشی از فقه را از ایشان فرا گرفت. همچنین به درس استادان بزرگی چون آقامیرزا باقر زنجانی، شیخ حسین حلّی، آیه‌الله حکیم و مرحوم آقای فانی شرفیاب شد و تا زمانی که در نجف بود به درس امام خمینی(ره) می‌رفت و از آن بهره می‌برد.
پس از هجرت به قم، حدود دو سال به درس مرحوم میرزاهاشم آملی رفت و پس از آن، تدریس را ادامه داد و در ضمن آن به تألیف می‌پرداخت.
از دوستان وی می‌توان مرحوم سید عبدالرضا شهرستانی و مرحوم حاج آقا محمد شیرازی را نام برد.
فعالیتهای علمی و فرهنگی:
آیه‌الله محمدهادی معرفت در طول عمر خود خدمات علمی و فرهنگی بسیاری را به جامعه شیعی ارزانی داشته است. او در کربلا با گروهی از فضلای آن دیار با سرپرستی حجه‌الاسلام والمسلمین آقای شهرستانی، مجله‌ای را به نام «اجوبه‌المسائل الدینیه» منتشر ساختند که در آن به شبهات گوناگونی که در گستره‌های مختلف دینی مطرح می‌شد، پاسخ داده می‌شد.
وی در طول سالیان تحصیل و پس از آن، همواره به تدریس علوم دینی در حوزه‌های علمیه کربلا، نجف و قم اشتغال داشته است و از این رهگذر، شاگردان فرهیخته و ممحضی را تربیت کرده و به عالم اسلام ارزانی داشته است که این تلاش، هم اکنون نیز ادامه دارد؛ بخشی از این تدریسها، تدریس علوم قرآنی بوده است که با توجه به نیازهای عالم اسلام و کمبودهای موجود در حوزه‌های علمیه، آثار و برکات فراوانی را به همراه داشته است؛ به گونه‌ای که می‌توان آیه‌الله معرفت را احیاگر دروس علوم قرآنی، در عصر اخیر در حوزه‌های علمیه دانست.
آیه‌الله معرفت در طول عمر با برکت خود کتابها و مقالات فراوانی را منتشر ساخته است که برخی از آنها به شرح زیر است:
۱ـ ولایت فقیه؛
۲ـ دقت فوق‌العاده شیخ در استنباط مسائل؛
۳ـ فرضیه بازگشت روح؛
۴ـ مصونیت قرآن از تحریف؛
۵ـ حدیث «لاتعاد»؛
۶ـ تناسب آیات؛
۷ـ آموزش علوم قرآن؛
۸ـ تاریخ قرآن؛
۹ـ التفسیر و المفسرون؛ تفسیر و مفسران (جلد اول )؛ تفسیر و مفسران (جلد دوم )
۱۰ـ التهمید، فی علوم القرآن؛
۱۱ـ شبهات وردود؛
۱۲ـ التفسیر الأثری الجامع.
آیه‌الله معرفت، غروب جمعه ۲۹ دی ماه ۱۳۸۵ در سن ۷۶ سالگی دعوت حق را لبیک گفت. خداوند او را با اولیاء الله محشور کند انشاء الله
